В те дни царь последний раз пытался через посланника ласково поговорить с боярыней: «Мати праведная, яко великая Екатерина мученица и есть, и будешь у меня в еще большей чести, только сделай милость — хотя бы для виду покажи перед всеми «щепоть», а там и крестись себе, как хочешь»… На это ответ был таков: «Не праведница я, а грешница, и с великомученицей напрасно равняет царь меня недостойную; но сохрани меня, Исусе Христе Сыне Божий, от наложения на себя печати антихристовы». Услышав ответ, царь велел перевести Феодору в Новодевичий монастырь — подальше, чтобы не носили ей ничего потребного. Но получилось наоборот: приезжавшие богатые вельможные жены на молебны к иконе Смоленской Одигитрии непременно стремились увидеть знаменитую сиделицу-боярыню, так что монастырский двор был сплошь заставлен дорогими каретами. Старшая сестра царя, Ирина, даже возражала ему: «Почто мучишь вдову помыканием с места на место? Нехорошо это, брате!» Ответом на это сестрино замечание было распоряжение «тишайшего» о последней ссылке боярыни Морозовой, а вскоре и двух остальных исповедниц, Евдокии и Марии, в Боровск, в острог, в земляную тюрьму. Войдя в подземелье, Феодора увидела инокиню, уже заточенную там, именем Иустина. Страдалицам — теперь уже четверым — именно здесь суждено было завершить славный их подвиг. Медленно угасали их жизни — в голоде и холоде, среди крыс и вшей. Поначалу охрана тайком подкармливала их, но после того как узнало об этом начальство и жестоко наказало нарушителей «должностной инструкции», стало совсем худо. Минул Петров день 1675 г., и в Боровск прибыл Федор Кузмищев, дьяк Стрелецкого приказа, чинить расследование о визитах и приношениях к мученицам. По его распоряжению Иустина была допрошена и, отказавшись сложить десницу щепотью, была сожжена в срубе. Оставшихся страдалиц переселили в еще более глубокое и темное подземелье, Марию же при этом перевели в другую тюрьму, к злодеям. А охране пригрозили, что за допуск кого-либо к сиделицам пропустившего ждет смертная казнь.
Первой отошла ко Господу святая Евдокия. Перед кончиной она попросила Феодору отслужить вместе с ней службу на исход души. И после пения Евдокия «предаде дух свой в руце Господни месяца сентября в 11 день». После преставления Евдокии Мария была возвращена в земляную тюрьму. А царь в последний раз понадеялся, что по смерти Евдокии боярыня хоть чуточку смягчится, и послал в Боровск некоего старого монаха для увещания Морозовой. Этот старец, увидев узы Феодоры и Марии, сам заплакал и напутствовал святых, чтобы они стояли до конца — ибо конец уже видимым образом приближался.
В последний свой день Феодора попросила стражника дать ей хлебца; он ответил, что никак не может, ибо боится смертной казни. Тогда она попросила его, чтобы он вымыл её сорочку, ибо близка уже ее смерть, и передала ему рубаху. Он исполнил просимое.
Феодора почила в мире, в глубокой темнице, в ночь с первого на второе ноября 1675 года. Старица Мелания в эту ночь была далеко в пустыни; она во сне видела Феодору, облеченную в схиму, радостно осматривающуюся по сторонам и лобызающую с веселием Крест и образ Спасов. После всех, в декабре, преставилась ко Господу и Мария, «и взыде третия ко двема, ликовати вечно о Христе Исусе, Господе нашем».
Тела Евдокии и Феодоры были погребены в том же остроге. После 1682 года братья Соковнины положили надгробную плиту на месте погребения сестер.
