Родился во второй половине XVI века в г. Перемышле на Червонной Руси. Получил прекрасное образование в Львовской братской школе. В 1616 году поступил в Киевское братство, где развил активную издательскую и полемично-литературную деятельность. Прп. Захария — автор богословских сочинений: «Книга о вере единственной» (1619), «Книга о правдивой единости» (1623), предисловия к «Беседе Иоанна Златоустаго» и «Номоканону». Его величайшим полемическим произведением считается «Палинодия» (1622), которая была направлена против католицизма и Брестской унии. На основании «Палинодии» был составлен в Киеве и издан в Москве в 1648 году известный богословский сборник «Книга о вере».
В 1624 г. прп. Захария был поставлен архимандритом Киево-Печерской лавры. В этом сане он продолжал заниматься учеными работами, возглавляя лаврскую типографию, в которой издал ряд богослужебных и святоотеческих книг, а также собственных сочинений. Упокоился преподобный 21 марта 1647 года. Канонизирован на Освященном Соборе Русской Древлеправославной Церкви в 2018 году.